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Axe Interdisciplinaire de Recherche de l’Université de Nice – Sophia Antipolis

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I3S

Laboratoire d’Informatique, Signaux et Systèmes de Sophia-Antipolis - UMR CNRS 7271

vendredi 10 octobre 2014


Voir en ligne : Site du Laboratoire

Court résumé des activités et des projets du ou des groupes concernés :

Au sein de l’I3S, et plus particulièrement du pôle MDSC (Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes), l’équipe bio-info travaillent théoriquement suivant deux axes :

(1) Le développement de méthodes formelles,
(2) La modélisation et la simulation, avec des applications aux systèmes biologiques, notamment les réseaux génétiques et de neurones.

S’agissant de l’application aux réseaux de neurones, plusieurs pistes sont actuellement explorées :
- Le développement de méthodes formelles pour l’identification du graphe d’interactions entre neurones,
Lé génération automatique d’archétypes hiérarchiques de structures neuronales à partir de leur simulation par événements discrets,
- L’élaboration d’un réseau booléen pour la corrélation entre structure et activité des neurones.

Quelques publications parmi les plus significatives :

- S. Taati, E. Formenti, J.-P. Comet, G. Bernot (2012) On the impact of the distance between two genes on their interaction curve . J. of Mathematical Biology, Vol.64, Num.1, p.131-147.
- Muzy, B.P., Zeigler (2012) "Activity-based Credit Assignment (ACA) in Hierarchical Simulation", IEEE/ACM/SCS : SpringSim Multi-conference, Symposium On Theory of Modeling and Simulation, Orlando, USA, Accepted for publication.
- Muzy, D. Hill (2011) "What is New with the Activity World View in Modeling and Simulation ? Using Activity as a Unifying Guide For Modeling and Simulation", IEEE/SMC-ACM/SIGSIM- Proceedings of the 2011 Winter Simulation Conference S. Jain, R.R. Creasey, J. Himmelspach, K.P. White, and M. Fu, eds. Invited Paper, 13 p.
- Z. Khalis, J.-P. Comet, A. Richard, G. Bernot (2009) The SMBioNet Method for Discovering Models of Gene Regulatory Networks . Invited review, Genes Genomes and Genomics, A. Mansour Ed., Global Science Books, Vol.3, Special Issue 1, p.15-22.
- Z. Khalis, G. Bernot, J.-P. Comet, Observability group, Gene Regulatory Networks : Introduction of multiplexes into R. Thomas’ modelling (2009) Book chapter in Proc. of the Nice Spring school on Modelling of biological processes in the context of genomics, March 30th-April 3rd, 8th Edition, Amar, Képès, Norris, Bernot Ed., EDP Sciences pub., p.139-151, ISBN 978-2-7598-0437-5.

Liste des collaborateurs niçois :
- Dieudonné, projet PEPS Neuroconf.
- IPMC, Ingrid Bethus